Vilhelm oli pienestä pitäen opinhaluinen. Hän oppi lukemaan ja kirjoittamaan ja oli opetellut myös maalarin ammatin maanviljelijän ammatin lisäksi. Hän teki maalaustöitä ja laati naapureiden ja kyläläisten tarvitsemia asiakirjoja . Elämäntavoiltaan hän oli ehdottoman raitis.

Heränneisiin Niskanen liittyi vuoden 1817 paikkeilla ja alkoi käydä seuramatkoilla Kiuruvedellä ja Pyhäjärvellä. Ulottuivatpa hänen matkansa myöhemmin Paavo Ruotsalaisen ja serkkunsa Lauri Juhani Niskasen kanssa aina Kalajoelle saakka.

Niskanen tutustui Pohjanmaan heränneisiin, ja ajatus Kalajokilaaksoon muuttamisesta syntyi. Niskasten perikunta Iisalmen Ruotaanlahdessa oli suuri: siihen kuului monta eri perhettä. Vilhelmilläkin oli jo kuusi lasta. Ensin hän aikoi asettua Nivalaan, mutta kun Ylivieskan kappalainen Jonas Lagus tarjosi vuokralle Toivolan taloa Ylivieskassa, Niskanen muutti perheineen sinne 1842. Pian kuitenkin ilmeni, etteivät Laguksen ja Niskasen välit olleet hyvät, ja heränneisiin lukeutuvan Taneli Rauhalan suosituksella ja avulla Niskanen osti Nivalan Välikylästä Niskakosken talon.

Kun Niilo Kustaa Malmberg oli määrätty Lapualle 1838 ja Jonas Lagus muutti 1845 Pyhäjärvelle, jäi heränneiden johtajuus kuin luonnostaan Vilhelm Niskasen vastuulle. Hän liikkui ahkerasti seuramatkoilla Kalajokivarressa ja Suupohjassa saakka. Niskanen rukoili kolmea asiaa: että hänen lapsensa pysyisivät ”ystäväkansan” mukana, että hän saisi joskus maksetuksi suuren talovelkansa ja että hän saisi lopuksi helpon ja autuaallisen kuoleman.

Kaikki rukouksen toiveet täyttyivät ajallaan. Hänen maallinen omaisuutensa karttui siinä määrin, että hän sai hankituksi oman talon jokaiselle pojalleenkin. Uskonnolliseen mietiskelyyn taipuvaisena hän kirjoitteli ajatuksiaan paperille. Näistä on mainittava Hengellisten asiain muistokirja, joka oli tarkoitettu jatkoksi Lauri Juhani Niskasen muistokirjalle sekä Heränneen ja langenneen ihmisen tilasta ja sen armoituksesta. Kirjan painatti Niskasen ystävä J. Heittiö Oulussa 1882 parikymmentä vuotta Niskasen kuoleman jälkeen. Se on tiettävästi ensimmäinen nivalalaisen kirjoittama kirja. Hengellisten asiain muistokirja on julkaistu Mathias Akianderin teoksessa Historiska Upplysningar av Religiösa rörelserna i Finland i äldre och senare tider: IV 299–318, Helsinki 1862.

Niskasen opista alettiin levittää mitä kummallisimpia juttuja. Häntä syytettiin väärästä opista ja jopa Pyhän Hengen ja kuolleiden ylösnousemisen kieltämisestä. Melkein kaikki muut papit paitsi Niilo Kustaa Malmberg vetäytyivät hänestä eroon. Paavo Ruotsalainenkin laittoi hänelle kaksi pannakirjettä. Niskanen ei kuitenkaan luopunut herännäisyydestään, ja kansa jakautui tuona hajaannuksen aikana kahteen leiriin, niskaslaisiin ja toistupalaisiin, jotka olivat Laguksen kannattajia.

Vilhelm Niskasta vaivasi elämänsä loppuvuosina sydäntauti. Siitä huolimatta hän jatkoi työtään. Marraskuun 12. päivän iltana 1860 oli seurat Välikylällä Eerolan talossa, noin kilometrin päässä hänen kotoaan. Seurojen jälkeen häntä kehotettiin vuoteeseen levähtämään. Hänen annettiin levätä rauhassa ja hänet löydettiin aamulla kuolleena.

Vanhemmat

Daniel Niskanen, äidin tyttösukunimi Lappalainen (Tiedot ovat vajavaisia, koska Iisalmen kirkonkirjat tuhoutuivat Suomen sodan aikana 1808–1809.)

Puoliso

11.6.1820 Anna Alm, syntynyt 1.8.1801 Lampaanjärvi, kuollut 19.5.1872 Nivala, vanhemmat sotamies Antti Alm ja Catharina Ruotsalainen