Ei voitane selvittää, milloin nuorempi Matti seurasi isäänsä Niemen isäntänä, mutta hän maksoi henkirahan viimeksi 1682 ja lienee siis täyttänyt noihin aikoihin 63 vuotta. Matti Niemi riitaantui Pyhäjärven kappalaisena vuodesta 1685 lähtien olleen Jakob Juhonpoika Lybeckin kanssa niin, että tämä valitti 1686 joutuneensa pitämään rukouspäivänä jumalanpalveluksen pappilassa Niemen riistettyä häneltä kirkon avaimen.

Oikeudessa kerrottiin Matti Niemen olleen aikaisemmin Pyhäjärven kirkonisäntänä mutta joutuneen eroamaan väärinkäytösten takia, mitä lienee pidetty yhtenä syynä hänen kaunaansa pappia kohtaan. Ilmeisesti Lybeckillä oli muitakin vastustajia, ja riidan perimmäisiä syitä ei tunneta. Alkuvuodesta Niemi ja pari muuta Pyhäsalmen seudun talollista alkoi ehdotella naapureille, että Lybeck erotettaisiin heittämällä hänet kirkkomaan aidan yli. Tämä oli vanha, muualtakin Suomesta tunnettu seremonia, jota oli joskus käytetty seurakunnan halutessa erottaa pappinsa.

Helmikuun 16. päivänä 1690 muutamat pyhäjärveläiset odottivat jumalanpalveluksen jälkeen kappalaista kirkon ovella, ja Matti Niemen ja Matti Toivosen huudettua seiväs kädessä ”Pojat, ryhtykää nyt häneen!” kolme nuorempaa miestä raahasi Lybeckin kirkkomaan laidalle ja heitti kahden muun auttamana hänet aidan yli. Sen jälkeen papilta revittiin erottamisen merkiksi kaapu ja liperit.

Nämä vaatekappaleet ja ehtoolliskalkki lukittiin kirkkoon, jonka avaimen Matti Niemi otti haltuunsa. Papinheittäjät väittivät myöhemmin toimineensa koko ”Salmelan” kylän yhteisestä päätöksestä, mutta muut seudun talolliset eivät tunnustaneet tätä todeksi.

Kihlakunnanoikeus tuomitsi 1690 Matti Niemen ja neljä muuta virkamieheen kohdistuneesta väkivallasta maanlain kuninkaankaaren 31. luvun nojalla kuolemaan, mutta Turun hovioikeus lievensi tuomioita, jotka julistettiin tarkistettuina vuoden 1692 talvikäräjillä. Ankarimmaksi jäi pääsyyllisenä pidetyn Matti Niemen rangaistus: hänet tuomittiin karkotettavaksi Inkerinmaalle, Pähkinälinnan linnoitukseen, ja lähetettiin sinne suoraan käräjiltä, kaularaudoissa ja sotilasvartion viemänä. Vanha mies tuskin eli vankeudessa kovinkaan kauan.

Vanhemmat

isä talollinen Matti Matinpoika Niemi

Puoliso

puolisona mainittu Reetta Niilontytär 1683–90